Mortal Kombat 9!!

A história se inicia do fim do Armageddon, onde todos os lutadores foram mortos, restando somente Raiden e Shao Kahn, que lutam incansavelmente no topo da Pirâmide de Argus. Raiden, a ponto de ser morto por Shao Kahn, lança um feitiço sobre seu amuleto mágico, agora quebrado, enviando uma mensagem para seu eu do passado, dizendo "Ele deve

 vencer".

Retrocedendo os acontecimentos para o primeiro torneio da série, hospedado por Shang Tsung, uma versão do passado de Raiden tem visões do futuro, devido ao seu amuleto agora rachado. Raiden chega à conclusão de que o lutador Liu Kang deve vencer o torneio e salvar o Plano Terreno da Exoterra. Embora Liu Kang consiga, o amuleto de Raiden continua a deteriorar-se, um sinal de que eventos futuros mantêm-se inalterados.

Decepcionado com a derrota da Exoterra, Shao Kahn ordena a execução de Shang Tsung, mas cede quando o feiticeiro sugere um segundo torneio na Exoterra. Raiden tenta mudar a linha do tempo, substituindo Liu Kang (originalmente o vencedor do torneio) por Kung Lao, na esperança que ele fosse o o campeão do segundo torneio. Shao Kahn, no entanto, mata Kung Lao em combate, e Liu Kang enfurecido fere mortalmente o vilão. Raiden observa que a linha do tempo ainda não foi alterada, já seu amuleto continua a deteriorar-se.

Curado pelo feiticeiro Quan Chi, Shao Kahn então faz uma aliança com o feiticeiro e invade o Plano Terreno. Juntamente com lutadores como Nightwolf, Raiden e Liu Kang tentam parar Kahn, mas muitos de seus aliados são assassinados pela esposa de Shao Kahn, Sindel, que foi ressuscitada por Quan Chi, assim, Nightwolf se sacrifica para mata-la. Então, Raiden enfrenta Quan Chi, e pela aliança com Kahn, percebe que a mensagem, "ele deve vencer" refere-se a Shao Kahn - se Shao Kahn fundir a Exoterra com o Plano Terreno, ele será punido pelos Deuses Anciões por violar as regras do Mortal Kombat. Liu Kang, no entanto, acusa Raiden pela morte de seus aliados e o ataca, enquanto Shao Kahn se aproxima. Na tentativa de preservar o futuro, Raiden acidentalmente mata Liu Kang. De luto, Raiden se rende a Shao Kahn. Os Deuses Anciões intervêm, possuindo Raiden e usando-o como uma forma de condenar e punir Kahn por quebrar as regras do Mortal Kombat. Após matar Kahn, Raiden promete proteger o Plano Terreno com os sobreviventes Johnny Cage e Sonya.

É revelado que Quan Chi na verdade tem uma aliança com o seu mestre, Shinnok, e pretende tirar vantagem do caos que toma conta dos reinos e da derrota de Shao Kahn para conquistar tanto o Plano Terreno quanto a Exoterra, em nome do Submundo. O final do "Modo História" já diz quem será o vilão da sequência do jogo.